У подножья гор и в лесах, на гранитном ложе темнеют крупные и глубокие озера с пресной водой: Аулисколь (Боровое), Айнаколь (Б. Чебачье), Шабакколь (М. Чебачье), Котырколь и оз. Шортанды (Щучье) и мелкие озера среди лесов; Аккуколь (Лебяжье), оз. Горное, оз. Светлое, оз. Карасу (Карасье).
Все озера этой группы достаточно глубоки и имеют чистую пресную воду. Характерным для этих озер является их высокое положение над уровнем моря: Шортанды - 393,5 м, Аулнеколь - 320,1 м, Шабакколь - 392,3 м, Айнаколь - 300,5 м. Наибольшая длина наблюдается у озера Шабакколь - 13,6 км, наибольшая ширина оз. Айнаколь - 4,2 км. Средняя глубина от 3,4 м (Аулиеколь) до 14,3 (Шортан-Ды), наибольшая - 37 (оз. Айнаколь).
Озера Акколь и Текеколь находятся в пределах степного мелкосопочника. Вода в этих озерах чистая, прозрачная, с небольшим содержанием солей. В Бурабайской группе озер исключение составляет лишь оз. Шабакколь, в котором минерализация летом составляет 2,8 г/л, доходя в зимний период до 3 г/л. Водный режим этих озер определяется притоком талых снежных вод, стекающих с площадей водосбора в течение весеннего половодья, а также осадками, выпадающими на поверхность озер в виде дождя и снега. Расходная часть водного баланса почти целиком определяется испарением с поверхности озера, так как большинство водоемов бессточные.
Существенное влияние на естественный водный баланс оказывает интенсивный водозабор из озер для нужд курортной зоны и г. Щучинска (озеро Шортанды, Аулиеколь, Айнаколь и Котырколь).
Ниже дается краткая характеристика основных озер.