Гидрогеологические условия района являются следствием геологического и морфологического строения территории.
По материалам АО "Кокшетаугидрогеология" выделяется пять водоносных горизонтов в Бурабайском гранитном массиве. Водоносный горизонт, приуроченный к четвертичным отложениям. Четвертичные отложения распространены в северо-восточной, восточной части и по берегам озер Аулиеколь и Шортандыколь (Щучье). Воды в этих отложениях приурочены к прослоям песков, гравия и щебня. Воды практического значения не имеют из-за мизерных запасов.
Водоносный горизонт, приуроченный к современным и верхнечетвертичным озерным отложениям. Эти воды также не имеют большого площадного распространения, оконтуривал узкой полосой все существующие водоемы. Озерные отложения представлены разнозернистыми песками, щебнем, суглинками. Глубина залегания подземных вод 0,4-2,3 м. Дебиты скважин 0,1 -0,7 л/сек.
По химическому составу воды озерных отложений ультрапресные 0,05-0,3 г/л. Для организации водоснабжения санаторий значения не имеет.
Водоносный горизонт, приуроченный к средне- и верхнечетвертичным делювиально-пролювиальным отложениям. Водоносный горизонт характеризуется неравномерным залеганием по площади и глубине. Глубина залегания горизонта 0,5-6,0 м, при мощности 1,0-4,2 м, водообильность незначительная 0,01-0,1 л/сек. Воды слабосолоноватые 1,8-2,7 г/л. Практического значения для организации водоснабжения не имеют.
Водоносный горизонт, к нижне- и среднечетвертичным озерным отложениям. Эти отложения развиты на небольшой площади на перешейке между озерами Аулиеколь и Айнаколь. Они представлены иловатыми глинами с прослоями разнозернистых песков. Ввиду ничтожной водообильности этот водоносный горизонт не имеет практического значения.
Водоносный горизонт приуроченный к гранитам Бурабайского комплекса и продуктам их выветривания. Граниты развиты повсеместно и представлены средне- и крупнозернистыми разностями. До глубины 15-20 м граниты значительно выветрелые. Кроме того, они разбиты серией тектонических трещин. Глубина залегания подземных вод в зависимости от рельефа местности колеблется от 0,2 до 12,4 м. Мощность водоносного горизонта колеблется от 30 до 60 м. Дебиты скважин в районе Бурабайского гранитного массива колеблются от 0,2 до 10,0 л/сек. Вдоль русел ручьев и логов воды гранитов выклиниваются в виде родников и мочажин. Минерализация подземных вод колеблется от 0,03 до 0,5 г/л. Учитывая хорошее качество подземных вод, можно рекомендовать их использование для хозпитьевого водоснабжения санаториев и домов отдыха.
По материалам АО "Кокшетаугидрогеология" дана оценка естественных ресурсов и эксплуатационных запасов подземных вод. Водосборная площадь оз.Аулиеколь 164 кв. км, коэффициент фильтрации, среднее значение 0,18, величина эффективных осадков - 110 мм. Естественные ресурсы 6,7 м3/сут или 78 л/сек. Эксплуатационные запасы 32,7 л/сек, по категориям А+В+С,. Эксплуатационные запасы подземных вод на участке оз. Котырколь. На участке развития гранитов пробурено 5 скважин. Максимальные дебиты скважин от 1,4 до 6,3 л/сек. Площадь водосбора 30 кв. км. Коэффициент инфильтрации 0,35, величина эффективных осадков 11,0 мм. Величина ежегодно восполняемых запасов 48 л/сек. Эксплуатационные запасы Котыркольского участка при коэффициенте использования естественных ресурсов 50% - 24 л/сек.
Эксплуатационные запасы подземных вод участка озера Шортандыколь (Щучье). Площадь водосбора 60 кв. км, величина эффективных осадков 110 мм, коэффициент инфильтрации атмосферных осадков 0,35. Величина естественных ресурсов 73 л/сек. При использовании естественных ресурсов на 50% - эксплуатационные запасы составляют 36,5 л/сек.
В настоящее время водоснабжение санаториев, домов отдыха, пионерских лагерей, расположенных вокруг озер Шортандыколь, Аулиеколь, Котырколь осуществляется за счет подземных вод, приуроченных к трещиноватой зоне гранитного массива.